Решение Гитлера стало большим разочарованием для немецких генералов, которые были уверены, что смогут ворваться в город, и продолжали с немецкой скрупулезностью планировать его захват. Для захвата Ленинграда уже были определены 50-й армейский корпус и полицейская дивизия «СС», за которыми должны были следовать другие части полиции и «службы безопасности «SD». В качестве коменданта Ленинграда планировался командир 50-го армейского корпуса генерал Линдеманн. Начальник штаба 18-й армии полковник Хассе намеревался «в первую очередь, самыми боеспособными силами проникнуть в город через максимально большое количество улиц. Войсковые подразделения должны были сразу же задействоваться для поддержки полицейских сил с целью проведения систематических зачисток, и лишь после этого постепенно отводиться из города».

15 сентября была составлена «Инструкция по обращению с населением Петербурга», предписывавшая направлять в пункты сбора военнопленных и концентрационные лагеря всех красноармейцев, милиционеров, коммунистов, комиссаров, евреев и «подозрительных элементов». Исходя из этого, планировалось зарегистрировать все мужское население города. Это подтверждает и немецкий военный исследователь Хассо Стахов в своей книге «Трагедия на Неве». По его словам, еще в июле 1941 года офицеры Генерального штаба разработали вопреки всем тирадам ненависти к «символу большевизма» планы по захвату города и решению вопросов, связанных с контролем, эксплуатацией, управлением, работой заводов и других учреждений, а также со снабжением. Когда до командования войск под Ленинградом был доведен приказ Гитлера и немецкие части стали перебрасывать под Москву, стало ясно, что ставка окончательно сделана на то, чтобы уморить город длительной осадой.