Несмотря на то что подобные жесткие меры должны были поставить крест на подпольной деятельности нацистов, Союзное командование, чтобы вконец подорвать возможное сопротивление, решилось на принятие еще более жестких, почти драконовских мер. В приказе № 1 устанавливался список преступлений, которые карались смертью: вооруженное сопротивление, саботаж, обладание оружием. И хотя генерал Смит удалил из этого списка угрозу жизни военнослужащих из состава Союзнических армий, Эйзенхауэр в марте 1945 года отдал собственный приказ. Он заявил: «Я сказал моим офицерам, что не намерен терпеть любого сопротивления. Я не допущу, чтобы в моих людей стреляли немцы — не суть важно, в военной они униформе или гражданской одежде». Это заявление было результатом ожесточенного сопротивления, с которым Союзники столкнулись на немецких землях, лежащих к востоку от Рейна. Почувствовав попустительство Эйзенхауэра, некоторые американские офицеры в качестве единственной меры наказания стали применять смертную казнь. Для этого им не требовалось особого разрешения или решения военного суда. В Хартвальде американские танкисты расстреляли несколько мирных жителей, которые подозревались в том, что служили проводниками у немецких партизанских отрядов. В Швайнфурфе, где американские грузовики попали в засаду, немецкие снайперы вешались без суда и следствия. В Оффенбахе, где из панцерфауста был подорван американский танк, была расстреляна вся семья диверсанта. В Рупбодене американскими солдатами был казнен фанатичный национал-социалист, который призывал жителей срывать с домов белые флаги. Там же казнили трех «вервольфов», которые покушались на жизнь американского офицера. Все эти казни с точки зрения международного права (Гаагской и Женевской конвенций) были весьма сомнительными, хотя — с моральной точки зрения — международное право вообще не предусматривало возможность внесудебных расправ.

Впрочем, множество немцев было приговорено к смерти военными судами. Но попавшие в военный суд Союзников вряд ли могли рассчитывать на иной приговор кроме расстрела. Нарочитая жестокость приговоров привела к негодованию левых элементов. Летом 1945 года студенты Лондонского университета организовали акцию протеста. Они были возмущены приговором британского военного суда, который 1 июня 1945 года приговорил к смерти несколько немецких подростков. Эти юноши были завербованы в концентрационном лагере. Им обещали предоставить свободу в обмен на выполнение нескольких заданий в тылу 9-й армии США. Не меньшее недовольство вызывали изуверские методы осуществления казней. В Англии росло возмущение тем, что британские военнослужащие использовались в роли палачей. Общественное мнение настаивало на том, чтобы немцев казнили традиционными способами и желательно руками лояльных Союзникам германцев. Впрочем, британское командование наотрез отрицало тот факт, что английские солдаты рубили приговоренным к смерти головы. В качестве доказательства приводился пример одного британского офицера, который предложил гильотинировать «вервольфов». Это предложение не было принято, а сам офицер получил дисциплинарное взыскание («за жестокость»).

Процедура работы военных судов была предельно простой. Разбирательство дела шло в предельно короткие сроки. Сам обвиняемый не мог рассчитывать на презумпцию невиновности. Этот факт вряд ли можно было списать на особенности, характерные для военного времени, так как в Италии представший перед судом Союзников обладал всеми правами обвиняемого. Кроме этого, в Германии не было никакой возможности воспрепятствовать спецслужбам Союзников продолжать держать под арестом людей, оправданных военными судами, что само по себе случалось крайне редко. И наконец, если обнаруживалось, что сведения, которые мог разгласить подсудимый, могли нанести ущерб военной безопасности Союзников, то можно было забыть про «адвоката». Суд фактически сводился к вынесению приговора, который был продиктован контрразведкой. Не стоило забывать, что военные суды не делали никакого различия между детьми, подростками и взрослыми. В конце концов, Союзникам было позволено проводить едва ли не «семейные казни», что было предопределено распоряжением, которое делало родителей ответственными за поведение детей. Они могли предстать перед судом по обвинению в том, что не смогли удержать своих детей от активного противодействия Союзникам. Подобная практика появилась на свет, когда в октябре 1944 года в Ахене было поймано четверо мальчишек, которые намеревались обстрелять из засады артиллерийский расчет американцев. Впрочем, тогда и дети, и их родители остались в живых. Но после этого инцидента было решено ввести практику виновности родителей, тем паче что она была предусмотрена немецким Уголовным кодексом, принятым в 1940 году. В феврале 1945 года перед военными судами стали представать дети и родители. Волна недовольства, захлестнувшая США и Англию, привела к тому, что в подобных случаях стали выносить более мягкие приговоры, нежели смертная казнь.