Большая часть партизанских инициатив немецкого Верховного командования согласовывалась лично с Отто Скорцени и его боевиками. Подобное сотрудничество предопределило тесные контакты между военными и «Вервольфом». Подобные отношения базировались главным образом на системе «обмена», которая с определенного времени развивалась между вермахтом и «Вервольфом». Руководство «Вервольфа» отказывалось от своей полной независимости в обмен на материальные ресурсы, предоставляемые военным командованием. На высшем уровне такое сотрудничество привело к созданию в 1944 году тандема: Верховное командование вооруженных сил — Личный штаб рейхсфюрера СС. Высшее командование, по понятным причинам, весьма скептически относилось к «новомодной» организации. Военные вообще презрительно относились к любым новшествам и инициативам, поступавшим со стороны СС. Однако в начале 1945 года потребность в тесном сотрудничестве была очевидна для всех. «Вервольф», несмотря на все организационные и материальные проблемы, мог добывать важную тактическую информацию. По мере того как сами военные стали прибегать к тактике партизанских действий, в военной среде было решено поручить «Вервольфу» выполнение весьма специфических функций. В обмен на это армия могла предложить плохо вооруженным эсэсовским партизанам все необходимое. В вермахте еще надеялись, что можно избежать краха на Восточном фронте.

Вследствие этого в начале февраля 1945 года было принято решение, что при каждом штабе дивизий, воевавших на Восточном фронте, будет находиться хотя бы один офицер из состава «Вервольфа». В его задачи входило координировать деятельность «вервольфов» и армейских разведчиков, обмениваться информацией о дислокации частей противника. 6 февраля немецкое Верховное командование выпустило приказ, который предписывал офицерам разведки помогать отрядам «Вервольфа» в Северо-Восточной Германии. Кроме этого этим приказом регламентировались отношения армейских частей и отрядов СС, которые действовали в тылу противника. В то же время возникла потребность в том, чтобы подобный порядок существовал и на Западном фронте. В конце февраля на совещании представителей Верховного командования и руководства СС было достигнуто соглашение, что подобное сотрудничество будет распространено на западные территории Германии. Особые уполномоченные «Вервольфа» должны были входить в тесный контакт с армейской разведкой, как только та или иная территория становилась театром военных действий. Так, например, в военном округе XIII были созданы специальные подразделения, которые должны были облегчить действия «вервольфов». Они занимались в основном транспортировкой и оказанием медицинской помощи. При штабе военного округа VII был сформирован отдел, который получил название «Специальный абвер».

Мало того, что военные начали вполне определенно влиять на развитие партизанского движения, так они заполучили в свои руки еще и важнейшие функции по вербовке и подготовке будущих «вервольфов». В Верховном командовании всегда проявляли повышенный интерес к этим вопросам. В начале 1945-го военные предложили создать новый канал вербовки в «Вервольф», который бы находился в исключительной компетенции вермахта. «Бюро Прюцмана», остро нуждавшееся в массовом притоке людей, вынуждено было согласиться с этим предложением. Теперь добровольцы, найденные военными, проходили специальное обучение в специальных армейских школах. Подобные «вервольфы» усиливали влияние вермахта на СС вообще и «Вервольф» в частности. Любые добровольцы, которые изъявили желание воевать в составе «Вервольфа», должны были сначала пройти специальную подготовку в так называемой «Второй армейской школе», которая располагалась в карпатском городке Туркенбург (Западная Словакия). Обучением там заведовал достаточно жесткий офицер Пауль Крюгер. Он предъявлял к рекрутам весьма высокие требования. Таковыми, в частности, было обладание Железным крестом. Путь в эту школу был закрыт любым военным, которые исповедовали католицизм. Кроме этого, новички должны были происходить только из тех областей на восточных и западных окраинах рейха, которые были уже заняты противником. Как показывают документы, особый акцент делался на восточные территории. По крайней мере один отряд был целиком сформирован из военных, которые происходили из городов, уже занятых Красной Армией. Итоги подобного обучения не имели каких-то впечатляющих итогов. Часть людей вообще не попала в «Вервольф». Всего через «Вторую армейскую школу» прошло около 300 человек, прежде чем Красная Армия заняла Западную Словакию. Не исключено, что некоторые из добровольцев проходили подготовку в армейской школе близ Висмара под началом полковника Нобиса. Но выпускники этих курсов возвращались в свои армейские части, а отнюдь не в партизанские отряды. В «Бюро Прюцмана» они оказывались лишь в том случае, если их часть уже прекращала свое существование.

Поскольку партизанская война почти всегда неразрывно связана с уничтожением различных коммуникаций, то армейские саперы и военные инженеры проявляли повышенный интерес к «Вервольфу». Из документации следовало, что в 1944 году возможность ведения партизанской войны обсуждалась на занятиях в армейской школе в Дессау-Росслау. Итогом этих обсуждений стало появление документа, который назывался «Партизанская война на территории собственной страны». Этот меморандум был негласно распространен среди старших офицеров вермахта. После того как было заявлено о создании «Вервольфа», один из авторов этого документа — полковник инженерных войск Кеммерих предложил, чтобы армейские чины также подключились к планированию операций нацистских партизан. В частности, речь шла о военных инженерах и саперах, подготовленных в специальном учреждении в Хокстере. Большинство из них было передано в распоряжение «Бюро Прюцмана». Те же, кто не попал в состав «Вервольфа», использовались в качестве специалистов в «патрульных отрядах».

Хотя специальные саперные команды предназначались преимущественно для борьбы против Красной Армии, в последние недели войны с ними столкнулись и Союзники. В Летцлингерском лесу американские отряды столкнулись с «Особыми саперно-инженерными отрядами», которые должны были провести серию диверсий. В Гарце американцам удалось захватить в плен пятерых партизан. Четверо из них были облачены в армейскую униформу, хотя формально числились в составе «Вервольфа». При задержании в руки военнослужащих США попал специальный «дневник», в котором фиксировались все осуществленные диверсии. Из него следовало, что этот небольшой отряд был ответственен за взрывы, произошедшие в местных гостиницах, где останавливались на постой американские солдаты.

В Тюрингии американский отряд смог завладеть документами, из которых следовало, что военные готовились в определенный момент превратить остатки вермахта в партизанские отряды:

Возможно, наиболее «интересным» формированием армейских «вервольфов» был отряд «Михаэль», который действовал в Каринтии в последние дни войны. Примечателен факт, что большинство членов этого отряда были радистами. В «Михаэле» не было характерной для вермахта приверженности служебной субординации. Члены отряда никогда не носили униформу. Между командирами и подчиненными существовали вполне дружеские отношения. Командир отряда полковник Кротебергер имел уже определенный опыт партизанских действий — в свое время он поддерживал тесные связи с греческими националистами, координируя их вылазки. Сам он не собирался сражаться против западных держав, намереваясь воевать только против Красной Арии. Часть его подчиненных позже активно использовалась для антисоветской работы.

В последние месяцы войны небольшие воинские отряды буквально потоком стали вступать в состав «Вервольфа». При этом, как правило, не происходило никакого обучения. В конце марта 1945 года среди «вервольфов» оказалось значительное количество австрийских связистов, которые быстро были переквалифицированы в радистов партизанских групп. Их обучение проводилось в местечке Лейтаберг, находившемся юго-восточнее Вены. В то же время в Магдебурге несколько армейских офицеров были переданы в подчинение «Вервольфу». Все они были экспертами-связистами, прекрасно ориентировавшимися на местности, до войны большинство из них было лесниками. Новые армейские «вервольфы» тут же стали использоваться для подготовки тайных складов оружия. В окрестностях Гамбурга британские солдаты захватили в плен двух немецких офицеров, которые на допросе показали, что являлись «вервольфами», входившими в специальный гамбургский партизанский отряд.

Полное вовлечение «Вервольфа» в боевые действия имело один негативный для нацистского руководства эффект — оно потеряло контроль над партизанским движением. В «Бюро Прюцмана» чувствовали себя весьма не комфортно, так как были лишены какой-либо возможности поддерживать тесные связи с партизанскими группами. Отдел разведки в «бюро» пробовал доказать свою компетентность, а потому дважды в месяц делалось некое подобие отчетов для заинтересованных ведомств. Но работники этого отдела не имели никакого отношения к непосредственному развертыванию групп «вервольфов», сведения же, поступавшие к ним, были отрывочными. Заместитель Зибеля полковник Залль жаловался в апреле 1945 года одному из местных организаторов «Вервольфа», что деятельность «Бюро Прюцмана» была фактически парализована. Оно было больше не в состоянии контролировать партизанские группы. Хотя в качестве причины подобной плачевной ситуации он называл разрушенную сеть коммуникаций, а отнюдь не бюрократическую раздробленность партизанского движения. Впрочем, доля истины в его словах была. Уйдя за линию фронта, партизанские группы нацистов весьма неохотно выходили в эфир, так как опасались пеленгации. Таким образом, мы видим, что после февраля 1945 года Прюцман сохранял лишь номинальное руководство партизанским движением в Германии. Непосредственное руководство в большинстве случаев осуществляли конкретные воинские офицеры, как правило служившие в армейской разведке.

Новый режим руководства «Вервольфом» привел к тому, что стал меняться сам характер деятельности партизанских групп. Верховное командование настаивало на том, чтобы «вервольфы» преимущественно использовались для ведения разведки. Таким образом, отряды, первоначально сформированные для саботажа и диверсионных вылазок, постепенно превращались из собственно партизанских в разведывательные группы. Французская контрразведка в марте 1945 года отмечала, что «вервольфы» не были больше разрозненными группами, они были сконцентрированы. Армейское руководство всячески пыталось целенаправленно использовать их для выполнения новых задач. Советские источники этого же периода сообщали, что в тылу Красной Армии наблюдалась небывалая концентрация немецких саботажников, чего не было за все предыдущие годы войны. По статистике, только весной 1945 года в советский тыл было заброшено агентов и диверсантов в полтора раза больше, чем за весь период 1941–1944 годов. Объяснение подобному находилось только одно — «вервольфы» перешли под армейское руководство, а потому они обслуживали исключительно интересы вермахта.

Одним из инициаторов превращения партизанских групп в разведывательные отряды был генерал-майор Рейнхардт Гелен. Осенью 1940 года он был назначен руководителем группы в Оперативном отделе Генштаба сухопутных войск. 1 апреля 1942 года Гелен был назначен начальником 12-го отдела Генерального штаба «Иностранные армии Востока». В его ведении находилась оперативная разведка на советско-германском фронте. Гелен видел свою главную задачу в том, чтобы создать новую разведывательную сеть на Восточном фронте. Стремительное наступление Красной Армии в 1944–1945 годах привело к тому, что армейская разведка потеряла большинство своих контактов. Например, армейская группа «Центр» настолько быстро покинула Силезию, что не имела даже возможности оставить на этой территории своих агентов. Кроме того, молниеносный бросок Красной Армии на время парализовал деятельность «вервольфов» на Восточном фронте. Срочная эвакуация правительственных и административных ведомств, поток беженцев — все это на время отвлекло внимание нацистских властей от движения «Вервольф». Воспользовавшись подобной «передышкой», НКВД ликвидировал большинство групп «вервольфов», заброшенных в советский тыл. Неудивительно, что в это время в немецких документах нельзя было найти сведений о крупномасштабных акциях партизан на Восточном фронте. Подобная неэффективность привела к тому, что военные решили взять дело в свои руки.

Гелен очень быстро понял, что в той критической ситуации, в которой оказались Германия и ее союзники, единственным мотивом для партизанского движения в советском тылу мог быть антикоммунизм. Как следствие разыгрывания антикоммунистической карты, можно было создать оперативную разведывательную сеть. Германия могла добиться какого-то успеха, только играя активную роль в «национальном освобождении» территорий, оказавшихся под контролем Красной Армии. Ведомство Гелена еще в 1944 году начало тесное сотрудничество с СС в деле изучения теории и практики партизанской войны. Поначалу это сотрудничество ограничивалось изучением тактики отдельных групп антифашистского сопротивления. В декабре 1944 года был сделан еще один шаг навстречу друг другу — был осуществлен перевод советской классической работы «Партизанская война и саботаж», изданной в 1931 году Дразовым. В начале 1945 года Гелен начал подготовку к полномасштабному изучению проблемы строительства антисоветского подполья. В качестве структурной модели он избрал польскую Армию Крайову. Для этого был найден весьма удачный повод. Отделение армейской разведки в Бреслау было обвинено в пособничестве Варшавскому восстанию. Все архивы генерала Бор-Ко-моровского со специальным курьером были переданы Р. Гелену. Непосредственно их изучением занялся капитан Фридрих Поппенбергер, немец румынского происхождения, который уже на протяжении многих лет занимался подготовкой русских и польских агентов, которые должны были стать базой для антисоветского подполья.

9 февраля 1945 года Поппенбергер подготовил документ, в котором предлагалось при помощи шестидесяти ключевых фигур создать так называемое «восточное подполье». Большинство групп «восточного подполья» должны были укрываться в секретных убежищах, выполняя, по сути, традиционные для «Вервольфа» функции: диверсии, саботаж, террор. По правде говоря, этот план предполагал очередную стадию реорганизации всего движения «вервольфов». Однако Гелен решил, что подобной деятельности должно было предшествовать создание чисто разведывательной организации, которая бы собирала сведения в советском тылу. Для воплощения в жизнь этой затеи требовались тысячи добровольцев из вермахта. Кроме этого Гелен просил передать под его контроль ряд подразделений армейской разведки.

Документ, составленный Поппенбергером, вызвал у армейских чинов смешанную реакцию. Сам Гелен продолжал оценивать партизанскую войну как непредвиденное, но все-таки необходимое обстоятельство ведения боевых действий на Восточном фронте. Он планировал вести долгосрочную партизанскую борьбу. Но его планам не было суждено сбыться. Рейнхардт Гелен был освобожден от командования отделом «Иностранные армии Востока». Поводом для этого послужили его смелые высказывания. Он поставил под сомнение военный талант фюрера, который руководствовался лишь интуицией. Гелен напрямую заявлял, что Гитлер неверно оценивал силу Красной Армии. Действительно, сведения, собранные этим разведчиком, были куда более точными, нежели интуитивные прозрения фюрера. Гелен оказался виноват в том, что поставлял «ко двору» плохие вести. В итоге в его услугах больше не нуждались. Принимая во внимание эти события, Гелен прекрасно понимал, что планирование деятельности «Вервольфа» было удобным поводом для того, чтобы избежать попадания в мясорубку боев на передовой. Кроме этого, он предвидел бесславный конец Третьего рейха. Именно в эти дни он стал вынашивать план микрофильмирования архивов 12-го отдела, после чего намеревался передать их западным державам. Предугадав, что мир между Союзниками будет недолгим, в этих документах, в итоге попавших в руки американцам, он делал упор на необходимость существования в восточноевропейских странах антисоветского подполья.

Своими планами Гелен поделился со старым другом из РСХА Вальтером Шелленбергом. Во время личной встречи, которая состоялась в марте 1945 года, он доказывал, что фронт сможет продержаться в лучшем случае пару месяцев. После неизбежной капитуляции Германии он, Гелен, и Шелленберг могли пригодиться Союзникам для создания антисоветского сопротивления. Гелен далеко не случайно пошел на такой риск. Он полагал, что Генрих Гиммлер, которому подчинялся Вальтер Шелленберг, был единственным человеком, способным справиться с подобной задачей. «У него для этого была необходимая энергия и воображение». При этом Гелен намеревался задействовать далеко не всех специалистов из состава СС. Из этой схемы предполагалось изъять Кальтенбруннера. Гелен полагал, что Гиммлер мог разрешить Шелленбергу заняться созданием немецкого движения, которое по своей структуре должно было весьма напоминать польскую Армию Крайову. Гелен заверял своего собеседника, что многие армейские офицеры верили в способности Шелленберга и они с удовольствием перешли бы под его начало. Шелленбергу польстила подобная перспектива. Он даже согласился использовать ресурсы, отведенные на реализацию операции «Цеппелин», для создания нового движения. Несколько дней спустя он попросил д-ра Альберта Раппа, курировавшего «Цеппелин», изучить деятельность Армии Крайовы и подготовить соответствующий документ.

В начале апреля 1945 года Шелленберг предпринял не менее рискованную попытку обсудить эти планы с Генрихом Гиммлером. По его мнению, надлежало проконсультироваться по ряду из этих проектов с командующим армейской группы «Висла» генералом Венком. Сам того, не подозревая, Шелленберг наступил на любимую мозоль рейхсфюрера СС. Несколькими месяцами ранее группа офицеров, воевавших на Восточном фронте, предложили Гиммлеру план ведения войны в условиях полной оккупации Германии. Когда Гиммлер попытался изложить основные идеи этого плана, то был грубо прерван Гитлером. Оскорбленный упреком фюрера, Гиммлер прореагировал на предложение Шелленберга весьма раздраженно. Он произнес стандартную нацистскую проповедь о том, что ведение подобных разговоров является распространением пораженческих настроений. Он едва ли не кричал в лицо эсэсовскому разведчику: «Это — полнейшая чушь. Если бы я согласился обсуждать с Венком подобный план, то стал бы первейшим капитулянтом в Германии. Этот факт стал бы известен и без того невыдержанному фюреру. Но не говорите об этом Гелену. Попытайтесь ему объяснить, что я категорически отказываюсь принимать этот план. Кроме того, для генерала и компетентного офицера столь высокого класса непростительно сидеть во Франкенструппе и проектировать планы послевоенной борьбы».

Можно предположить, что он допускал, будто бы план Гелена был нацелен на реорганизацию всей структуры «Вервольфа». В случае, если бы контроль над партизанским движением достался военным и РСХА, Гиммлер потерял бы часть своих прерогатив. Недаром он поручил курирование «вервольфов» высшим полицейским чинам. Не стоило также забывать, что в начале апреля 1945 года Гелен был заменен полковником Весселем на посту руководителя 12-го отдела Генерального штаба. Гитлер и слышать не хотел о подобных «пораженческих» идеях. Все эти факты еще раз наглядно указывают на то, что Гиммлер не намеревался выступать организатором послевоенного национал-социалистического сопротивления. Шелленберг же, в свою очередь, немедленно попытался забыть про этот план. Во-первых, его было бесполезно обсуждать с рейхсфюрером СС, во-вторых, он всерьез стал опасаться за безопасность Гелена. Впоследствии он все-таки сообщал Гелену и Раппу подробности беседы с Гиммлером. После войны Шелленберг предпочитал ограничиваться фразами о том, что ничего не знал о дальнейшей реализации данного замысла. Однако польские историки до сих пор возлагают вину на Верховное командование вермахта за то, что оно решилось реализовать план Гелена. По крайней мере польская коммунистическая историография полностью возлагала ответственность за действие «вервольфов» на территории Польши на Гелена. В качестве аргумента, подтверждающего данное обвинение, приводились сведения о том, что именно 12-й отдел Генерального штаба сухопутных войск сыграл решающую роль в сборе материала о европейских антифашистских организациях, которые активно принимали участие в сопротивлении. Со своей стороны, отмечу, что если подобная деятельность и существовала, то это вовсе не делает Гелена «крестным отцом» «Вервольфа». С другой стороны, вне всякого сомнения, в 50-е годы он был непосредственно причастен к организации антисоветского подполья на территории Польши.

Однако, возможно, поляки все-таки справедливо упрекали Гелена в организации новой партизанской программы на Востоке. Новый проект явился некой копией оригинального «Вервольфа». Польские источники свидетельствуют, что на территориях Восточной Германии, занятых Армией Людовой в последние месяцы войны, нацистские партизаны себя проявляли не очень активно. Это утверждение было справедливо, по крайней мере до тех пор, пока домой не стали возвращаться тысячи беженцев, покинувших в свое время насиженные места. В этом бесчисленном потоке людей, по мнению польских властей, умело маскировались «вервольфы», которые были ответственны за нападение на польских колонистов. Подозреваемые в терроризме тут же задерживались польскими властями. На допросах они показали, что еще до капитуляции Германии получили предписание от Верховного командования проникать на польские территории и вести там подрывную работу. Предполагалось, что из состава вермахта, СС и СД выявлялись немцы, владеющие польским языком. Они должны были вернуться обратно на польские земли, снабженные липовыми документами фольксдойче. Некоторые из диверсантов, задержанных в Центральной и Западной Польше, были вообще облачены в британскую форму. НКВД не исключал, что план Поппенбергера хотя и в измененном виде, но все-таки вступил в силу. Учитывая сотрудничество Гелена с западными державами, не исключалось, что диверсии против польских властей происходили с ведома Англии и США. В итоге все возвращающиеся в Польшу немцы стали подозреваемыми в сотрудничестве с западными спецслужбами.