Начало Второй мировой войны положило конец немецкому исследованию Антарктики, которое было столь успешно начато экспедицией 1938–1939 годов. Ремонт экспедиционного корабля «Швабия» был завершен перед самым началом Второй мировой войны. Весьма показательно, что ремонт собственности «Люфтганзы» обошелся казне рейха в несколько миллионов рейхсмарок. Однако авиационная компания так и не смогла воспользоваться своим кораблем. 12 октября 1939 года он был передан в распоряжение люфтваффе, в качестве корабля поддержки морской авиации. Первые два года Второй мировой войны «Швабия» находилась на Западном фронте. Она служила плавающей базой для самолетов-разведчиков морской авиации. Как и ранее, капитаном корабля был Альфред Котгас, который формально не был военным моряком. Интересным был и тот факт, что экипаж корабля продолжал числиться в штате пароходства «Северогерманский Ллойд». Многие свидетели указывали на то, что в то время Котгас не раз с тоской вспоминал об антарктической экспедиции.

На Рождество 1940 года его ожидал небольшой сюрприз. К нему на «Швабию» пришло письмо от дирекции «Люфтганзы». Оно имело следующее содержание: «С нескрываемой радостью спешим вам сообщить, что по инициативе президента Немецкой морской метеорологической службы господин имперский министр авиации 17 декабря 1940 года наградил Вас бронзовой медалью морской обсерватории. Мы поздравляем Вас с награждением, передаем приветы и одновременно желаем веселого Рождества и поздравляем с Новым годом».

Впрочем, спокойствие «Швабии» продолжалось недолго. В 1942 году было принято решение в срочном порядке перекинуть ее на норвежский театр боевых действий. Здесь «Швабия» вместе с тремя другими катапультирующими кораблями («Вестфалия», «Фризланд» и «Восточная марка») должна была использоваться морской авиацией для борьбы с конвоями западных союзников, которые направлялись в Советский Союз. Переход в Норвегию по кратчайшему пути был большим риском, связанным с множеством проблем. Немецкие корабли подвергались угрозе не только стороны кораблей западных союзников, но и со стороны британской авиации, которая была очень активна в районе проливов и каналов. О переходе «Швабии» в Норвегию сохранились записи в журналах боевых действий. Ситуация выглядела так. В ночь с 5 на 6 августа 1942 года «Швабия» в сопровождении нескольких кораблей направилась из Гавра в Булонь. Всего же «Швабию» сопровождало несколько тральщиков, дозорных катеров и боевых катеров. 6 августа, после прибытия в Булонь корабли сопровождения оставили «Швабию». 7 августа 1942 года «Швабии» предстояло прорваться через Дуврский пролив, в котором уже шли три боя между немецкими судами и небольшими британскими соединениями. «Швабия» направилась в путь под покровом тьмы, однако ближе к полуночи она была обнаружена британцами. Около часа ночи «Швабия» была обстреляна зажигательными снарядами. После этого к немецкому кораблю попытались приблизиться шесть британских торпедных катеров. Со «Швабии» открыли огонь — несколько британских катеров было потоплено, остальные прекратили преследование. Второй скоротечный бой происходил между 1 часом 45 минутами и 1 часом 55 минутами. На этот раз британские торпедные катера пытались подкрасться к «Швабии» незаметно. Однако они были обнаружены, когда немецкие моряки запускали осветительные ракеты. Британские лодки попытались подойти на расстояние в 5–6 морских миль, однако натолкнулись на шквальный огонь, который вели с борта «Швабии». Некоторые из них выпустили торпеды в сторону «Швабии», но те не попали в цель. Третий бой завязался в 3 часа 42 минуты. Он длился всего лишь несколько минут. Потери в ходе этих ночных боев были несопоставимыми. На «Швабии» имелся один тяжело и пять легко раненных моряков, в то же самое время британцы потеряли пять торпедных катеров. Это можно было посчитать за боевой успех, так как «Швабия» шла без кораблей сопровождения. После предварительных подсчетов было установлено, что только за эту ночь с борта «Швабии» было произведено 450 выстрелов из тяжелого и 31 тысяча выстрелов из легкого оружия. После того как «Швабия» была переброшена с Западного фронта в Норвегию, 14 сентября 1942 года она встала в море у Тромсё, чтобы служить плавающей базой для немецких самолетов-разведчиков.

Переделка экспедиционного судна в боевой корабль произошла в кратчайшие сроки. По большому счету на «Швабию» установили только лишь легкое зенитное орудие. Именно с таким вооружением она прибыла 24 марта 1944 года в Эгерзунд. Здесь в 1944 году корабль подвергся нападению британской подводной лодки «Террапин», которой командовал лейтенант Мартин. После попадания торпеды «Швабия» очень сильно пострадала. В боевом донесении командира субмарины «Террапин» сообщалось, что во время рейда к берегам Норвегии был замечен немецкий конвой, который состоял из пяти боевых кораблей и шести плавучих баз. Поскольку на подводной лодке имелось только две торпеды, то лейтенант Мартин решил торпедировать самые уязвимые из кораблей. Ими оказались «Швабия» и пароход «Вёрт», который имел водоизмещение в 6256 тонн. Британская торпеда попала «Швабии» в борт, пробоина оказалась огромной. Ханнес Кемпф, который вначале служил матросом на «Фризланде», а в октябре 1943 года был переведен на морской буксир «Атлас», входивший в состав флотилии обеспечения морской авиации (Киль), был очевидцем событий тех дней. Он вспоминал: «22 марта 1944 года буксир «Атлас» получил приказ незамедлительно отправиться к Эгерзунду, чтобы оказать помощь сильно пострадавшему кораблю «Швабия». Мы нашли катапультирующий корабль в заливе близ фьорда Флекке. «Швабия» сильно накренилась, так как в борту в средней части корабля имелась огромная пробоина. Экипаж и офицеры решили не покидать корабль. Мы помогали им откачивать воды, что получалось с большими проблемами. Однако «Швабия» осталась на плаву. Это означало, что мы могли ее отбуксировать». Ликвидацией пробоины и буксировкой занималась уже другая команда. «Швабию» удалось вытащить на берег близ Эгерзунда, а затем доставить в Осло. Толком отремонтировать корабль не удалось, а потому он встретил конец боевых действий в этом регионе (7 февраля 1945 года) в поврежденном состоянии. Это произошло во фьорде Сандвик, расположенном в непосредственной близости от Осло. Именно в этот день корабль полностью остался без экипажа.

После окончания Второй мировой войны все представители морского торгового флота, которые не являлись служащими Военно-морских сил, были интернированы с территории Норвегии в Германию. Среди этих людей был и капитан Альфред Коттас. Он не предполагал, что сможет вновь когда-нибудь увидеть «Швабию», на которой провел несколько лет. Однако в декабре 1946 года Коттаса вызвали из лагеря для интернированных. Его направили к «Швабии», которая была нагружена химическими боеприпасами союзников. После этого последовал приказ утопить корабль во фьорде Скагеррак. Насколько сложно было Коттасу выполнить этот приказ, полученный от британских военных, можно судить по письму, которое 17 декабря 1952 года капитан направил директору «Немецкой Люфтганзы». Коттас написал следующий текст:

«Глубокоуважаемый господи Гедрих! Двенадцать лет моей службы в «Люфтганзе», которая длилась с февраля 1935 года по июнь 1947 года, были для меня самыми прекрасными временами. Меня, холостяка, вполне устраивала служба на «Швабии». Этот корабль стал для меня всем. «Швабия» стала для меня не просто моим кораблем, нет, она стала для меня родным домом, моей работой, моей судьбой, с которой я связал свою жизнь и находил в этом деле успокоение. И вот 31 декабря 1946 года приходит приказ противника: я должен был пустить на дно мой корабль, на который было погружены отравляющие газы. Это было 7,5 тонн отвратительных веществ, от которых першило в носу, горле и слезились глаза. Это была горькая пилюля, но я был вынужден ее проглотить. Во время затопления «Швабии» только лишь я находился на палубе располагавшегося поблизости буксира. Мне удалось достать небольшой театральный бинокль, чтобы хотя бы немножечко быть поближе к родному кораблю. Корабль медленно опускался в воду. Сначала это было равномерное погружение, но затем он залился на корму, утопая в далеком Северном море. Я снял шапку и еще долго не решался надеть ее. Я не проклинал, не плакал, не молился. С этого времени в моей жизни начался новый период жизни. Вся моя прошлая жизнь, все прекрасное в ней, далекие и суровые моря, Родина, судоходство, флаг оказались разрушенными.

После некоторых перемен мне удалось начать жизнь на суше. Я был кладовщиком, помощником столяра, резчиком по дереву, охранником в гавани. Эта работа позволяла хоть как-то прокормиться. В 1949 году я подхватил сильнейшее воспаление легких. Болезнь длилась полгода, и я опасался, что она доконает меня. После выздоровления мне пришлось буквально заново учиться ходить. У меня закончились все средства, больнично-страховые кассы отказывались выплачивать деньги и т. д. В это время удалось устроиться представителем одной фирмы, которая занималась поставками кофе. Это позволило мне совершать командировки в Гамбург, где был чистый морской воздух. Это стало моим спасением. С трудом, но мне все-таки удалось продвинуться вперед. Нынешняя моя работа способна меня прокормить, а потому я с уверенностью смотрю в будущее. Я нахожу неуместным жаловаться и причитать, так как сочувствие считаю унизительным… Это письмо — единственный документ, в котором я описал конец «Швабии». Я не знаю, куда бы мог еще сообщить о гибели своего корабля».

После того как капитан Коттас написал это письмо, он прожил еще 17 лет на окраине Гамбурга, в Эппендорфе. Жил он в полном уединении. Он скончался в возрасте 84 лет в полдень 13 июня 1969 года. Похоронен он был на кладбище Ольсдорф в Гамбурге. О смерти капитана Коттаса сообщила только одна местная гамбургская газета, которая опубликовала короткий некролог 13 июня 1969 года в рубрике «Местные новости». Заметка называлась «Скончался капитан Коттас». Объем этого материала не превышал 30 строк. В ней говорилось о том, что именно на корабле «Швабия», на котором служил капитан Котгас, из антарктической экспедиции было доставлено несколько императорских пингвинов, которые были переданы Берлинскому зоопарку. Ни о самой экспедиции, ни о ее открытиях, ни о работе летчиков не говорилось ни слова. Вокруг нее даже после окончания Второй мировой войны продолжало сохраняться непонятное молчание. Если в 1938–1939 годах это молчание объяснялось тем, что сведения об экспедиции должны были по политическим и дипломатическим причинам сохраняться в тайне, то после 1945 года подобная молчаливая политика была оправдана с той точки зрения, что немецкие политики хотели выбрать более подходящий момент, чтобы вновь заявить свои претензии на Новую Швабию.