Урожай в конечном итоге очень сильно зависит от подбора семян, их всхожести, устойчивости к неблагоприятным воздействиям, болезням и вредителям. При выращивании овощей в зимних теплицах следует отдавать предпочтение сортам и гибридам культур, специально предназначенным для защищенного грунта. Перед посадкой семена нужно перебрать, удалив поврежденные и подпорченные. Затем с помощью 3 %-ного раствора поваренной соли удалить семена с малым удельным весом. В теплый раствор (30 г соли на 1 л воды) необходимо опустить семена и перемешать. Через несколько минут плавающие на поверхности семена нужно удалить, так как они, скорее всего, недостаточно развиты для того, чтобы дать полноценные всходы. Остальные следует вынуть, промыть и обсушить, можно на солнце, они и будут использоваться для посадки.

Для защиты от вирусных заболеваний семена можно протравливать в 1 %-ном растворе марганцовокислого калия в течение 15 минут, а затем промыть и просушить до сыпучести. Или с этой же целью можно провести прогревание семян. Для большинства семян овощных культур тепловая обработка проводиться путем погружения их в горячую воду (50 °C) на 20 минут. Нужная температура поддерживается следующим образом: через каждые 5 минут подливается небольшое количество горячей воды и все перемешивается.

Перед посадкой можно также определить всхожесть семян. Для этого определенное количество семян, например 20 штук, проращивают, завернув во влажную салфетку из нескольких слоев марли или фильтровальной бумаги, накрытых сверху пленкой. После того как семена проклюнуться, подсчитывают количество «проснувшихся» (давших росток) и количество «непроснувшихся». Если из 20 семян проросли 16, то всхожесть составляет 80 %, и чтобы получить 20 ростков, нужно взять 25 семян.

Насыщение семян кислородом, растворенным в воде, улучшает их всхожесть, повышает устойчивость растений к неблагоприятным воздействиям и ускоряет развитие культур. Для этого семена кладут в стеклянную банку нужных размеров, заливают теплой водой на две трети объема, на дно помещают конец шланга от аквариумного компрессора и подают воздух. Для большинства овощных культур время обработки составляет 24 часа, для редиса – 12 часов, для перца – 36 часов, для арбуза – 48 часов. За время обработки некоторые семена могут проклюнуться, что является сигналом к ее окончанию.