Самое интересное, что дал нам анализ Y-хромосом — это характер генетического разнообразия в Африке, который проявляется в распределении существующих на этом континенте древних генетических линий. Хотя все африканские популяции содержат более глубокие эволюционные линии, чем популяции за пределами континента, некоторые их них сохраняют следы действительно очень древних линий. Эти группы были найдены в Эфиопии, Судане и некоторых частях Восточной и Южной Африки. Генетический сигнал, которые они содержат, является очень хорошим доказательством того, что эти группы — то, что осталось от одной из самых древних человеческих популяций. В других группах эти сигналы утеряны, но сегодня эти восточно- и южноафриканские популяции все еще демонстрируют прямую связь с точкой коалесценции — с Y-хромосомным Адамом.

Эти популяции охватывают африканскую Рифтовую долину, распространяясь на юго-запад Африки, где люди племени сан (прежде называемые бушменами) имеют очень сильный сигнал разнообразия, что характерно для древних человеческих популяций. Также они говорят на одном из самых странных языков на планете, воспроизводя части слов с помощью щелкающих звуков (кликсов) — подобный звук мы могли бы издавать, управляя лошадью или имитируя капающий кран. Ни один другой язык в мире не использует щелкающих согласных в обычных словесных конструкциях, и эта удивительная особенность вдохновила лингвистов на изучение языковой семьи сан 200 лет назад, когда европейцы впервые колонизировали южную часть Африки. Языки этой семьи невероятно сложны. В английском языке, например, в повседневной речи используется тридцать один звук (две трети языков мира имеют от двадцати до сорока звуков), а !Ксу — язык племени сан («!» в слове «!Ксу» немного похож на звук откупоривающейся бутылки) имеет 141 звук. Хотя не вполне ясно, какие именно силы управляют возникновением языкового разнообразия, это число определенно указывает на древнее происхождение этого языка — точно таким же образом с течением времени накапливается и генетическое разнообразие.

То, что люди племени сан относятся к древней генетической линии, видно и по митохондриальной ДНК, и эти три вида независимых данных — особенности Y-хромосомы, мтДНК и языка — наводят на мысль о том, что племя сан представляет собой звено, напрямую связанное с нашими древними предками. Означает ли это, что наш вид возник в Южной Африке, а не в Рифтовой долине? Не обязательно, хотя значимость наших южных гоминидных предков в последние годы возросла, и некоторые современные палеоантропологи приводят доводы в пользу происхождения человека именно в Южной Африке. Совершенно ясно, что нынешняя территория проживания людей племени сан — лишь небольшая часть их исторического пространства, и останки скелетов, характерных для племени сан, были обнаружены в Сомали и Эфиопии в геологических слоях, относящихся к палеолиту. Некоторые из самых очевидных современных доказательств и на этот раз дает лингвистика. За пределами Южной Африки на щелкающем языке говорят только в одном месте — на востоке Африки. В Танзании народы хадза и сандаве говорят на очень непохожих друг на друга щелкающих языках, что подтверждает существование на территории от Рифтовой долины до Намибии широко распространенной некогда языковой семьи. Вполне вероятно, что область ее распространения была расширена сравнительно недавно вследствие миграции из Центральной Африки говорящих на языке банту популяций, которые за последние 2000 лет распространились на большей части Восточной и Южной Африки. Однако, похоже, что до прихода банту в Южной и Восточной Африке жили преимущественно племена сан.