Новое устройство враз не прилаживается

Книга: Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий

Дальше: Разные пути, ведущие к одной цели

По прошествии 31 тыс. поколений в одной из 12 подопытных популяций (ее условное обозначение — Ara-3) произошло что-то странное. Напомним, что бактерий ежедневно пересаживают в колбы с новой питательной средой. Сначала бактерии быстро размножаются, но потом глюкоза в колбе заканчивается, и рост бактерий прекращается — до следующей пересадки. Так было во всех подопытных популяциях, включая Ara-3. Но в один прекрасный день ученые заметили, что численность бактерий этой популяции продолжает расти и после того, как вся глюкоза в колбе уже съедена. К концу суточного цикла численность Ara-3 оказывалась намного выше, чем у остальных популяций. Очевидно, микробы научились использовать в пищу какое-то вещество, входящее в состав среды, но несъедобное для обычных кишечных палочек.

Вскоре Ленски и его коллеги выяснили, что бактерии из популяции Ara-3 приобрели способность питаться цитратом (лимонной кислотой). Цитрат добавляется в среду в качестве вспомогательного вещества. Нормальные бактерии E. coliспособны усваивать цитрат только в анаэробных (бескислородных) условиях. Неспособность питаться цитратом в присутствии кислорода — один из определительных признаков данного вида бактерий. Таким образом, на глазах изумленных ученых в популяции Ara-3 появилось настоящее эволюционное новшество— новый полезный признак. Этот признак (авторы обозначили его Cit ⁺) изменил взаимоотношения организма со средой и позволил бактериям-мутантам увеличить свою численность.

Ученые отсеквенировали геномы 29 бактерий из популяции Ara-3, замороженных в разное время. По этим данным было построено их эволюционное дерево (оно показано на рисунке). Оказалось, что популяция оставалась генетически разнообразной на протяжении почти всей своей истории. В ней из одного предкового клона получилось несколько генетически различающихся линий (клад), но они не спешили вытеснять друг друга. Скорее всего, это значит, что большинство различий между кладами были нейтральными, т. е. не влияли на приспособленность.

Удалось выявить конкретное генетическое изменение, которое дало бактериям возможность питаться цитратом. Микробы Cit ⁻превратились в Cit ⁺благодаря дупликации (удвоению) фрагмента хромосомы, содержащего ген citT. Этот ген кодирует белок, транспортирующий цитрат из внешней среды в цитоплазму бактериальной клетки. В норме у E. coliген citTактивен только в анаэробных условиях. Однако в результате дупликации одна из двух копий citTпопала под управление промотора (регуляторного участка) другого, соседнего гена ( rnk). При помощи генно-инженерных экспериментов авторы показали, что промотор гена rnkобеспечивает работу контролируемого им гена в аэробных условиях.

Разобравшись с природой ключевой мутации, ученые задались следующим вопросом: было ли появление фенотипа Cit ⁺в кладе 3 полностью случайным? Могло ли это событие с тем же успехом произойти в другой кладе или в другой популяции, или оно было подготовлено предшествующей эволюцией именно этой клады? В поисках ответа Ленски и его коллеги провели повторные эксперименты с размороженными представителями клад 1, 2 и 3, а также с исходным (предковым) штаммом.

Выяснилось, что у предкового штамма вероятность появления фенотипа Cit ⁺пренебрежимо мала. Представители клады 1 выработали этот фенотип в двух повторных экспериментах из 55. Это уже лучше! Микробы из клады 2 научились питаться цитратом в двух случаях из 97. Наконец, бактерии из клады 3 приобрели эту способность в восьми случаях из 37 повторных опытов. Еще лучше! Похоже на то, что вероятность приобретения нового полезного свойства росла постепенно. Дополнительные эксперименты подтвердили этот вывод.

Эволюционная история популяции Ara-3, в которой бактерии научились питаться цитратом.Числа слева — поколения.Кружками на дереве обозначены 29 клонов, чьи геномы были отсеквенированы. На дереве выделяются пять основных клад (эволюционных линий):UC (unsuccessful clade, быстро вымершая ранняя линия),клада 1, клада 2, клада 3 («потенцированные» клады с повышенной вероятностью появления фенотипа Cit ⁺, т. е. способности питаться цитратом),новая клада Cit ⁺ — клада, способная питаться цитратом, произошедшая от клады 3 после 31 тыс. поколений(Появление Cit ⁺) . После 33 тыс. поколений у бактерий Cit ⁺появилась мутация, резко повышающая темп мутагенеза(Появление мутатора) . В верхней части рисунка показаны результаты повторных эволюционных экспериментов с замороженными представителями клад 1, 2 и 3. Представители клады 1 выработали фенотип Cit ⁺в двух случаях из 55 попыток, клады 2 — в двух случаях из 97, клады 3 — в восьми случаях из 37. Представители исходного предкового штамма имеют пренебрежимо малую вероятность появления фенотипа Cit ⁺. График справа внизу показывает темп накопления мутаций, резко увеличившийся у бактерий Cit ⁺(светло-серые кружки) после появления аллеля-мутатора. ИзBlount et al., 2012 .

Приобретение фенотипа Cit ⁺во всех случаях было связано с тем, что ген citTначинал экспрессироваться в аэробных условиях. Но достигался этот результат разными путями. В некоторых повторных опытах, как и в основном долгосрочном эксперименте, произошли тандемные дупликации , благодаря которым citTоказался под управлением аэробного промотора. Но границы дуплицированных участков в разных случаях были разными, а промотор, взявший на себя управление геном citT, не всегда был промотором гена rnk: в одном случае это был промотор другого гена ( rna). В нескольких повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3в кодирующую часть гена, расположенного по соседству с citT. В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор, взявший на себя управление геном citT.

Повторные эксперименты подтвердили, что вероятность приобретения признака Cit ⁺росла в ряду «предковый штамм — клады 1 и 2 — клада 3». Стало быть, появление этого признака именно в кладе 3 не было простой случайностью. Микробы были заранее подготовлены к этому — «потенцированы». Иными словами, у них в ходе предшествующей эволюции зафиксировались какие-то мутации, которые сами по себе не давали возможности питаться цитратом, но повысили вероятность развития этой способности в будущем. Разумеется, «потенцирующие» мутации зафиксировались не потому, что микробы планируют свою эволюцию наперед. Эти мутации либо были нейтральными и зафиксировались случайно, либо были полезны для чего-то другого. Подготовка к цитратному питанию была побочным эффектом, которого естественный отбор не мог предусмотреть.

Дупликация, которая привела к появлению способности питаться цитратом у бактерий из популяции Ara-3. а— участок хромосомы предкового штамма, б— тот же участок после дупликации. Стрелками ипетельками обозначены промоторы геновrna иrnk , обеспечивающие работу этих генов в аэробных условиях. В результате дупликации генcitT , кодирующий транспортер цитрата, оказался под управлением промотора генаrnk и стал экспрессироваться в присутствии кислорода. ИзBlount et al., 2012 .

Следующими экспериментами удалось доказать, что какие-тогенетические особенности клады 3 действительно способствуют эффективному питанию цитратом. Чтобы убедиться в этом, исследователи вставили в геномы представителей предкового штамма и клад 1–3 по несколько копий гена citTпод управлением аэробного промотора. Иными словами, они придавали микробам способность поглощать цитрат — и смотрели, насколько микробы расположены к новой диете.

Представители всех генно-модифицированных штаммов в результате научились использовать цитрат в пищу, но в очень разной степени. Микробы из клады 3 делали это лучше всех: они быстро переключались с глюкозы на цитрат и хорошо росли на чистом цитрате. Микробы из клад 2 и 1 справлялись хуже: им требовалось больше времени на переключение, и росли на цитрате они медленнее. Предковый штамм использовал цитрат еще менее эффективно. Для того чтобы после исчерпания запасов глюкозы переключиться на питание цитратом, ему требовалось около двух суток. Между прочим, это означает, что в условиях долгосрочного эксперимента он не получил бы никакого преимущества от мутации, которая создала фенотип Cit ⁺в кладе 3: никто не дал бы ему двух суток на раздумья, ведь бактерий пересаживают в новую среду с глюкозой каждые сутки.

Эти результаты, как и повторные эволюционные эксперименты, показывают, что «потенцирование» проходило как минимум в два этапа. Вероятность формирования фенотипа Cit ⁺выросла при переходе от предкового штамма к кладам 1 и 2 и снова увеличилась при формировании клады 3.

Интересно, что первые бактерии, у которых после поколения № 31 000 был зарегистрирован фенотип Cit ⁺, использовали цитрат еще очень неэффективно, хотя у них уже были и «потенцирующие» мутации, и тандемная дупликация. Новая функция поначалу была несовершенна и давала лишь едва заметное преимущество. В ходе дальнейшей эволюции эффективность использования цитрата микробами Cit ⁺быстро росла. Исследователям удалось расшифровать один из механизмов усовершенствования: фрагмент ДНК с активированным геном citTпросто-напросто подвергся еще нескольким дупликациям. Это, по-видимому, ускорило поглощение цитрата из внешней среды.

Таким образом, формирование эволюционного новшества происходило в три этапа. На первом этапе ( потенцирование) закрепились мутации, повысившие вероятность появления признака в будущем. На втором этапе ( актуализация) появилась и была поддержана отбором ключевая мутация, превратившая микробов Cit ⁻в Cit ⁺. Правда, поначалу новый признак был слабо выражен и почти не приносил пользы. На заключительном, третьем этапе ( усовершенствование) признак постепенно оптимизировался. В результате его полезность многократно выросла.

Усовершенствование — процесс, который может продолжаться долго. Однако события, происходившие в популяции Ara-3 после поколения № 35 000, трудно анализировать. В это время среди микробов Cit ⁺(как и во многих других подопытных линиях) распространилась мутация, повышающая скорость мутагенеза в 20 раз, — уже знакомый нам аллель-мутатор. Найти среди сотен новых мутаций те, что связаны с усовершенствованием цитратного питания, — задача пока слишком трудная. Впрочем, замороженные бактерии никуда не спешат и будут спокойно ждать появления новых методов и приборов ( Blount et al., 2012).

Назад: Как работает эпистаз

Дальше: Разные пути, ведущие к одной цели