Наследуемые мутации появились в экспериментах почти сразу. Достижение Моргана состоит не в этом, а в том, что он выявил связи между различными мутациями. Некоторые признаки, как правило, наследовались вместе. Моргану удалось объединить их в 4 группы и доказать их связь с 4 парами хромосом дрозофил. Кроме того, на основе своих данных он выдвинул поразительную догадку о линейном расположении генов внутри хромосом.