На сегодня эта классификация значительно изменилась. Некоторые из упомянутых терминов вышли из употребления, другие опустились на более низкие уровни иерархии, наверх были выдвинуты новые, а рядом с тремя надцарствами стали помещать еще вирусы и вироиды. Очень существенное влияние на классификацию оказывают новые генетические методы исследований. В результате структура Древа жизни постоянно подвергается пересмотру и уточнению.