Верхние индексы теперь служат для обозначения степени ионизации атома или молекулы. Например, О2 означает дважды ионизированный, то есть лишенный двух электронов атом кислорода. Также применяются верхние индексы слева от символа элемента, они обозначают атомный вес изотопа, например,14С — это радиоактивный изотоп углерода с атомным весом 14, применяющийся в археологии для датировки находок.