На сцену выходит хор и рассказывает историю Фауста: он родился в германском городе Рода, учился в Виттенберге, получил докторскую степень. «Потом, исполнен дерзким самомненьем, / Он ринулся в запретные высоты / На крыльях восковых; но тает воск — /И небо обрекло его на гибель».

Фауст в своем кабинете размышляет о том, что, как ни преуспел в земных науках, он всего лишь человек и власть его не беспредельна. Фауст разочаровался в философии. Медицина также не всесильна, она не может дать людям бессмертье, не может воскресить умерших. Юриспруденция полна противоречий, законы вздорны. Даже богословие не дает ответа на мучающие Фауста вопросы. Лишь магические книги привлекают его. «Могущественный маг подобен Богу. / Итак, свой разум, Фауст, изощряй, / Стремясь божественной достигнуть власти». Добрый ангел уговаривает Фауста не читать проклятых книг, полных соблазнов, которые навлекут на Фауста гнев Господень. Злой ангел, наоборот, подстрекает Фауста заняться магией и постичь все секреты природы: «Будь на земле, как в небесах Юпитер — / Владыкой, повелителем стихий!» Фауст мечтает заставить духов служить себе и стать всемогущим. Его друзья Корнелий и Вальдес обещают посвятить его в тайны магической науки и научить заклинать духов. На его зов является Мефистофель. Фауст хочет, чтобы Мефистофель служил ему и исполнял все его желания, но Мефистофель подчиняется одному Люциферу и может служить Фаусту только по приказу Люцифера. Фауст отрекается от Бога и признает верховным властелином Люцифера — владыку тьмы и повелителя духов. Мефистофель рассказывает Фаусту историю Люцифера: когда-то он был ангелом, но проявил гордыню и восстал на Господа, за это Бог его низринул с неба, и теперь он в аду. Те, кто вместе с ним восстали на Господа, также осуждены на адские муки. Фауст не понимает, как же сейчас Мефистофель вышел из сферы ада, но Мефистофель объясняет: «О нет, здесь ад, и я всегда в аду. / Иль думаешь, я, зревший лик Господень, / Вкушавший радость вечную в раю, / Тысячекратным адом не терзаюсь, / Блаженство безвозвратно потеряв?» Но Фауст тверд в своем решении отринуть Бога. Он готов продать душу Люциферу за то, чтобы двадцать четыре года «жить, вкушая все блаженства» и иметь Мефистофеля своим слугой. Мефистофель отправляется к Люциферу за ответом, а Фауст тем временем мечтает о власти: он жаждет стать царем и подчинить себе весь мир.

Слуга Фауста Вагнер встречает шута и хочет, чтобы шут служил ему семь лет. Шут отказывается, но Вагнер вызывает двух дьяволов Балиола и Белчера и грозится, что, если шут откажется ему служить, дьяволы немедленно утащат его в ад. Он обещает научить шута превращаться в собаку, в кота, в мышь или крысу — во все что угодно. Но шут если уж в кого и хочет превращаться, то в маленькую резвую блошку, чтобы прыгать, где ему хочется, и щекотать смазливых бабенок под юбками.

Фауст колеблется. Добрый ангел уговаривает его бросить занятия магией, раскаяться и возвратиться к Богу. Злой ангел внушает ему мысли о богатстве и славе. Возвращается Мефистофель и говорит, что Люцифер приказал ему служить Фаусту до гроба, если Фауст кровью напишет завещание и дарственную на свою душу и тело. Фауст согласен, он вонзает нож себе в руку, но кровь стынет у него в жилах, и он не может писать. Мефистофель приносит жаровню, кровь Фауста согревается, и он пишет завещание, но тут на руке его появляется надпись «Homo, fuge» («Человек, спасайся»); Фауст не обращает на нее внимания. Чтобы развлечь Фауста, Мефистофель приводит дьяволов, которые дают Фаусту короны, богатые одежды и танцуют перед ним, затем удаляются. Фауст расспрашивает Мефистофеля про ад. Мефистофель объясняет: «Единым местом ад не ограничен, / Пределов нет ему; где мы, там ад; / И там, где ад, должны мы вечно быть». Фаусту не верится: Мефистофель разговаривает с ним, ходит по земле — и все это ад? Такой ад Фаусту не страшен. Он просит Мефистофеля дать ему в жены самую прекрасную девушку Германии. Мефистофель приводит к нему дьявола в женском обличье. Брак — это не для Фауста, Мефистофель предлагает каждое утро приводить к нему самых красивых куртизанок. Он вручает Фаусту книгу, где все написано: и как добывать богатство, и как вызывать духов, в ней описано расположение и движение планет и перечислены все растения и травы.

Фауст проклинает Мефистофеля за то, что он лишал его небесных радостей. Добрый ангел советует Фаусту раскаяться и уповать на милосердие Господне. Злой ангел говорит, что Бог не скалится над таким великим грешником, впрочем, он уверен, что Фауст и не раскается. У Фауста и правда не хватает духу раскаяться, и он заводит с Мефистофелем спор об астрологии, но когда он спрашивает, кто создал мир, Мефистофель не отвечает и напоминает Фаусту, что он проклят. «Христос, мой искупитель! / Спаси мою страдающую душу!» — восклицает Фауст. Люцифер упрекает Фауста за то, что он нарушает слово и думает о Христе. Фауст клянется, что это больше не повторится. Люцифер показывает Фаусту семь смертных грехов в их подлинном обличье. Перед ним проходят Гордость, Алчность, Ярость, Зависть, Чревоугодие, Леность, Распутство. Фауст мечтает увидеть ад и вновь вернуться. Люцифер обещает показать ему ад, а пока дает книгу, чтобы Фауст прочел ее и научился принимать любой образ.

Хор рассказывает, что Фауст, желая познать тайны астрономии и географии, для начала отправляется в Рим, чтобы увидеть папу и принять участие в торжествах в честь святого Петра.

Фауст и Мефистофель в Риме. Мефистофель делает Фауста невидимым, и Фауст развлекается тем, что в трапезной, когда папа угощает кардинала Лотарингского, выхватывает у него из рук блюда с яствами и съедает их. Святые отцы в недоумении, папа начинает креститься, и, когда он крестится в третий раз, Фауст дает ему пощечину. Монахи предают его проклятию.

Робин, конюх постоялого двора, где остановились Фауст с Мефистофелем, крадет у Фауста книгу. Он и его друг Ралф хотят научиться по ней творить чудеса и для начала крадут кубок у трактирщика, но тут вмешивается Мефистофель, чей дух они ненароком вызвали, они возвращают кубок и обещают больше никогда не красть магические книги. В наказание за дерзость Мефистофель обещает превратить одного из них в обезьяну, а другого — в собаку.

Хор рассказывает, что, посетив дворы монархов, Фауст после долгих странствий по небу и земле вернулся домой. Слава о его учености доходит до императора Карла Пятого, и тот приглашает его к себе во дворец и окружает почетом.

Император просит Фауста показать свое искусство и вызвать духов великих людей. Он мечтает увидеть Александра Великого и просит Фауста сделать так, чтобы Александр и его супруга восстали из могилы. Фауст объясняет, что тела давно усопших особ превратились в прах и он не может показать их императору, но он вызовет духов, которые примут образы Александра Великого и его супруги, и император сможет их увидеть во цвете лет. Когда духи появляются, император, чтобы удостовериться в их подлинности, проверяет, есть ли у супруги Александра родинка на шее, и, обнаружив ее, проникается к Фаусту еще большим уважением. Один из рыцарей сомневается в искусстве Фауста, в наказание у него на голове вырастают рога, которые исчезают только тогда, когда рыцарь обещает впредь быть почтительнее с учеными. Время, отпущенное Фаусту, подходит к концу. Он возвращается в Виттенберг.

Лошадиный барышник за сорок монет покупает у Фауста коня, но Фауст предупреждает его, чтобы он ни в коем случае не въезжал на нем в воду. Лошадиный барышник думает, что Фауст хочет утаить от него какое-нибудь редкостное качество коня, и первым делом въезжает на нем в глубокий пруд. Едва доплыв до середины пруда, барышник обнаруживает, что конь исчез, а под ним вместо коня — охапка сена. Чудом не утонув, он приходит к Фаусту, чтобы потребовать свои деньги обратно. Мефистофель говорит барышнику, что Фауст крепко спит. Барышник тащит Фауста за ногу и отрывает ее. Фауст просыпается, кричит и посылает Мефистофеля за констеблем. Барышник просит отпустить его и обещает заплатить за это еще сорок монет. Фауст доволен: нога на месте, а лишние сорок монет ему не повредят. Фауста приглашает герцог Ангальтский. Герцогиня просит достать ей среди зимы виноград, и Фауст тут же протягивает ей спелую гроздь. Все дивятся его искусству. Герцог щедро награждает Фауста. Фауст бражничает со студентами. Под конец пирушки они просят его показать им Елену Троянскую. Фауст исполняет их просьбу. Когда студенты уходят, приходит Старик, который пытается вернуть Фауста на путь спасения, но безуспешно. Фауст хочет, чтобы прекрасная Елена стала его возлюбленной. По приказу Мефистофеля Елена предстает перед Фаустом, он целует ее.

Фауст прощается со студентами: он на пороге смерти и осужден вечно гореть в аду. Студенты советуют ему вспомнить о Боге и просить его о снисхождении, но Фауст понимает, что ему нет прощения, и рассказывает студентам, как продал душу дьяволу. Близок час расплаты. Фауст просит студентов молиться за него. Студенты уходят. Фаусту осталось жить только один час. Он мечтает, чтобы полночь никогда не наступала, чтобы время остановилось, чтобы настал вечный день или хотя бы подольше не наступала полночь и он успел бы раскаяться и спастись. Но бьют часы, грохочет гром, сверкает молния, и дьяволы уводят Фауста.

Хор призывает зрителей извлечь урок из трагической судьбы Фауста и не стремиться к познанию заповедных сфер науки, которые соблазняют человека и учат его творить зло.

В прологе Макиавелли говорит, что все считают его мертвым, но душа его перелетела через Альпы и он прибыл в Британию к друзьям. Он считает религию игрушкой и утверждает, что нет греха, а есть только глупость, что власть утверждается только силой, а закон, как у Дракона, крепок только кровью. Макиавелли приехал, чтобы играть трагедию еврея, который разбогател, живя по его принципам, и просит зрителей оценить его по заслугам и не судить слишком строго.

Варавва, мальтийский еврей, сидит в своей конторе перед грудой золота и ждет прибытия кораблей с товарами. Он размышляет вслух о том, что все ненавидят его за удачу, но чтут за богатство: «Так пусть уж лучше / Все ненавидят богача-еврея, / Чем жалкого еврея-бедняка!» Он видит в христианах только злобу, ложь да гордыню, которые не вяжутся с их учением, а те христиане, в ком есть совесть, живут в нищете. Он радуется, что евреи захватили больше богатств, чем христиане. Узнав, что к берегам Мальты подошел турецкий флот, Варавва не тревожится: ни мир, ни война его не трогают, ему важны лишь собственная жизнь, жизнь дочери да нажитое добро. Мальта давно уже платит дань туркам, и Варавва предполагает, что турки так увеличили ее, что мальтийцам нечем заплатить, поэтому турки собираются захватить город. Но Варавва принял меры предосторожности и спрятал свои сокровища, так что ему не страшен приход турок.

Сын турецкого султана Калимат и паши требуют уплаты дани за десять лет. Губернатор Мальты Фарнезе не знает, где взять столько денег, и совещается с приближенными. Они просят отсрочки, чтобы собрать деньги со всех жителей Мальты. Калимат дает им месяц отсрочки. Фарнезе решает собрать дань с евреев: каждому надлежит отдать половину своего имущества; тот, кто откажется, будет немедленно окрещен, а тот, кто откажется и отдать половину имущества и креститься, потеряет все свое добро.

Три еврея говорят, что охотно отдадут половину своего имущества, Варавва возмущен их покорностью. Он готов отдать половину своих богатств, но только если указ распространяется на всех жителей Мальты, а не на одних евреев. В наказание за строптивость Вараввы Фарнезе отдает распоряжение забрать все его добро. Варавва обзывает христиан грабителями и говорит, что его вынуждают красть, чтобы вернуть награбленное. Рыцари предлагают губернатору отдать дом Вараввы под женский монастырь, и Фарнезе соглашается. Варавва упрекает их в жестокости и говорит, что они хотят отнять у него жизнь. Фарнезе возражает: «О нет, Варавва, пачкать руки кровью / Мы не хотим. Нам запрещает вера». Варавва проклинает подлых христиан, поступивших с ним так бесчеловечно. Другие евреи напоминают ему об Иове, но те богатства, которые утратил Иов, не идут ни в какое сравнение с тем, чего лишился Варавва. Оставшись один, Варавва смеется над доверчивыми глупцами: он человек предусмотрительный и надежно спрятал свои сокровища. Варавва успокаивает свою дочь Авигею, оскорбленную несправедливостью христианских властей. Он хранит свои богатства в тайнике, а поскольку дом отобрали под монастьгрь и ни его, ни Авигею больше туда не пускают, он велит дочери попроситься в монастырь, а ночью отодвинуть половицы и достать золото и драгоценные камни. Авигея делает вид, что поссорилась с отцом и хочет постричься в монахини. Монахи Джакомо и Бернардин просят аббатису принять Авигею в монастырь, и аббатиса уводит ее в дом. Варавва притворяется, что проклинает дочь, обратившуюся в христианство. Дворянин Матиас, влюбленный в Авигею, горюет, узнав, что Авигея ушла в монастырь. Сын Фарнезе Лодовико, наслышанный о красоте Авигеи, мечтает ее увидеть. Наступает ночь. Варавва не спит, ожидая вестей от Авигеи, Наконец она появляется. Ей удалось найти тайник, и она сбрасывает вниз мешки с сокровищами. Варавва уносит их.

На Мальту прибывает вице-адмирал Испании Мартин дель Боско. Он привез пленных турок, греков и мавров и собирается продать их на Мальте. Фарнезе не дает на это согласия: мальтийцы в союзе с турками. Но Испания имеет права на Мальту и может помочь мальтийцам избавиться от турецкого владычества. Фарнезе готов восстать против турок, если испанцы его поддержат, и решает не платить туркам дань. Он разрешает Мартину дель Боско продажу рабов.

Аодовико встречает Варавву и заговаривает с ним об алмазе, имея в виду Авигею. Варавва вслух обещает отдать ему алмаз, но сам хочет отомстить губернатору и погубить Лодовико. Матиас спрашивает Варавву, о чем тот говорил с Лодовико. Варавва успокаивает Матиаса: об алмазе, не об Авигее. Варавва покупает себе раба — Итамора — и расспрашивает его о прошлой жизни. Итамор рассказывает, сколько дурных дел он совершил. Варавва радуется, найдя в нем единомышленника: «… мы оба негодяи, / Обрезаны и христиан клянем». Варавва приводит к себе Лодовико, прося Авигею быть с ним полюбезнее. Авигея любит Матиаса, но Варавва объясняет ей, что не собирается ее неволить и выдавать насильно замуж за Лодовико, просто для его планов необходимо, чтобы она была с ним ласкова. Матиасу он сообщает, что Фарнезе задумал женить Лодовико на Авигее. Юноши, прежде бывшие друзьями, ссорятся. Авигея хочет помирить их, но Варавва посылает два ложных вызова на поединок: один — Лодовико от имени Матиаса, другой — Матиасу от имени Лодовико. Во время поединка юноши убивают друг друга. Мать Матиаса и отец Лодовико губернатор Фарнезе клянутся отомстить тому, кто их поссорил. Итамор рассказывает Авигее про козни ее отца. Авигея, узнав, как жесток был отец к ее возлюбленному, обращается в христианство — на сей раз искренне — и снова уходит в монастырь. Узнав об этом, Варавва боится, что дочь выдаст его, и решает отравить ее. Он подсыпает в горшок с рисовой похлебкой яд и посылает его монахиням в подарок. Никому нельзя верить, даже собственной дочери, только Итамор верен ему, поэтому Варавва обещает сделать его своим наследником. Итамор относит горшок в монастырь и ставит его у потайной двери.

Месяц отсрочки прошел, и на Мальту за данью прибывает турецкий посол. Фарнезе отказывается платить, и посол грозит, что турецкие пушки превратят Мальту в пустыню. Фарнезе призывает мальтийцев зарядить пушки и готовиться к битве. Монахи Джакомо и Бернардин рассказывают о том, что монахинь постигла неведомая хворь и они при смерти. Перед смертью Авигея на исповеди рассказывает Бернардину о кознях Вараввы, но просит его сохранить тайну. Как только она испускает дух, монах спешит обвинить Варавву в злодействе. Варавва притворяется, что раскаялся, говорит, что хочет креститься, и обещает отдать все свои богатства монастырю. Бернардин и Джакомо спорят, чей монашеский орден лучше, и каждый хочет перетянуть Варавву на свою сторону. В результате монахи ссорятся, оскорбляют друг друга и дерутся, В конце концов Бернардин уходит с Итамором, а Варавва остается с Джакомо. Ночью Варавва с Итамором душат Бернардина, потом прислоняют его труп к стене. Когда приходит Джакомо, он, думая, что Бернардин стоит у стены, чтобы не впустить его в дом, ударяет его палкой. Труп падает, и Джакомо видит, что Бернардин мертв. Итамор и Варавва обвиняют Джакомо в убийстве Бернардина. Они говорят, что не стоит им креститься, раз христианские монахи убивают друг друга.

Куртизанка Белламира хочет завладеть богатствами Вараввы. Для этого она решает соблазнить Итамора и пишет ему любовное письмо. Итамор влюбляется в Белламиру и готов ради нее на все. Он пишет Варавве письмо, требуя у него триста крон и угрожая, что иначе он сознается во всех преступлениях. Слуга Белламиры отправляется за деньгами, но приносит только десять крон. Итамор в ярости пишет Варавве новое послание, где требует уже пятьсот крон. Варавва возмущен непочтительностью Итамора и решает отомстить за предательство. Варавва дает деньги, а сам переодевается, чтобы его не узнали, и идет следом за слугой Белламиры. Итамор пьянствует с Белламирой и ее слугой. Он рассказывает им, как они с Вараввой подстроили поединок Матиаса с Лодовико. К ним подходит переодетый французом-лютнистом Варавва в широкополой шляпе. Белламире нравится, как пахнут цветы на шляпе Вараввы, и он снимает букет со шляпы и преподносит ей. Но цветы отравлены — теперь и Белламиру, и ее слугу, и Итамора ждет смерть.

Фарнезе и рыцари готовятся оборонять город от турок. К ним приходит Белламира и рассказывает, что в смерти Матиаса и Лодовико виноват Варавва и он же отравил свою дочь и монахинь. Стража приводит Варавву и Итамора. Итамор дает показания против Вараввы. Их уводят в тюрьму. Потом начальник стражи возвращается и объявляет о смерти куртизанки и ее слуги, а также Вараввы и Итамора. Стража несет Варавву как мертвого и бросает за городской стеной. Когда все уходят, он просыпается: он не умер, он просто выпил волшебный напиток — настой из мака с мандрагорой — и уснул. Кадимат с войском у стен Мальты. Варавва показывает туркам вход в город и готов служить турецкому султану. Калимат обещает назначить его губернатором Мальты. Калимат берет Фарнезе и рыцарей в плен и отдает их в распоряжение нового губернатора — Вараввы, который отправляет их всех в тюрьму. Он вызывает к себе фарнезе и спрашивает, какая награда его ждет, если он, захватив турок врасплох, вернет Мальте свободу и будет милостив к христианам. Фарнезе обещает Варавве щедрое вознаграждение и пост губернатора. Варавва освобождает Фарнезе, и тот идет собирать деньги, чтобы вечером принести их Варавве. Варавва собирается пригласить Калимата на пир и там убить его. Фарнезе договаривается с рыцарями и Мартином дель Боско, что, услышав выстрел, они бросятся к нему на помощь — только так все они смогут спастись от рабства. Когда Фарнезе приносит ему собранные сто тысяч, Варавва рассказывает, что в монастыре, куда придут турецкие войска, спрятаны пушки и бочки с порохом, которые взорвутся, обрушив на головы турок град камней. Что же касается Калимата со свитой, то, когда они взойдут на галерею, Фарнезе перерубит канат и пол галереи обрушится, а все, кто будет там в это время, провалятся в подвалы. Когда Калимат приходит на пир, Варавва приглашает его наверх, на галерею, но, прежде чем Калимат туда поднимется, раздается выстрел, и Фарнезе перерубает канат — Варавва падает в котел, стоящий в подполе. Фарнезе показывает Калимату, какая ему была подстроена ловушка. Перед смертью Варавва признается, что хотел умертвить всех; и христиан, и язычников. Варавву никому не жаль, и он гибнет в кипящем котле. Фарнезе берет Калимата в плен. Из-за Вараввы монастырь взорван и все турецкие солдаты перебиты. Фарнезе собирается держать Калимата у себя до тех пор, пока его отец не возместит всех разрушений, причиненных Мальте. Отныне Мальта свободна и никому не покорится.