41 отдельная авиационная эскадрилья была сформирована 27 апреля 1949 года (первый командир эскадрильи майор А. Литвинов) на основании директивы Генерального штаба ВС СССР и передана в 24 воздушную армию г. Финов (Германия). 23 мая 1951 года эскадрилья получила Красное Знамя с наименованием «41 отдельная авиационная эскадрилья связи».
25 мая 1977 года эскадрилья переименована в 41 отдельную вертолетную эскадрилью, передана в Московский военный округ, а затем передислоцирована в Республику Таджикистан (аэродром «Гиссар»). В октябре 1993 года оперативно подчинена 201-й мотострелковой дивизии.
В мае 1999 года эскадрилья была расформирована по плану сокращения ВС РФ и по 1 декабря 1999 года была прикомандирована к 201-й мсд.
1 декабря 1999 года на базе 41 ОВЭ была сформирована 303 отдельная вертолетная эскадрилья, которая выполняла специальные задачи в интересах 201-й мотострелковой дивизии и Объединенного командования Коллективными миротворческими силами в Республике Таджикистан.