В ватиканских архивах документы инквизиции хранятся в основном в двух собраниях: 1) Decreta (решения, принятые на заседаниях конгрегации, представленные в хронологическом порядке) и 2) Processus (материалы инквизиционных процессов: протоколы допросов, переписка, касающаяся судебных дел, приговоры и т.п.).
