Слово «конгрегация» (от лат. congregatio, то есть собрание) используется в книге в двух разных смыслах – в прямом и в специальном терминологическом. В первом смысле любое собрание кардиналов или иных духовных лиц – конгрегация. Во втором смысле (в этом случае будет использоваться написание с прописной) Конгрегация – это своего рода департамент Римской курии, созданный согласно апостольской конституции «Immensa Aeterni Dei» папы Сикста V (1588), своеобразное ватиканское «министерство». В зависимости от контекста разный смысл может вкладываться и в слово «инквизиция» (от лат. inquisitio, то есть следствие, изыскание): иногда оно означает церковный следственный аппарат вообще, а иногда подразумевает его высший орган, то есть соответствующую Конгрегацию. Верховная Священная Конгрегация Римской и Вселенской Инквизиции (лат. Suprema Sacra Congregatio pro Romana et Universalis Inquisitionis) была создана одной из первых в 1588 году, а ее истоки восходят к образованной Павлом III 21 июля 1542 года (булла «Licet ab initio») комиссии из шести кардиналов для наблюдения за чистотой вероучения, которая называлась Sacra Congregatio Romanae et universalis Inquisitionis seu sancti officii. Использованный здесь термин Sanctum Officium также обладает некоторой двусмысленностью, отраженной в разнообразии его переводов на русский язык: кроме официальной кальки святой официй используется также святая служба, священное учреждение, священная канцелярия. Во избежание путаницы предпочтение далее будет отдаваться последнему варианту, хотя достичь полного терминологического единства в данном случае невозможно.