В публикациях, посвященных штрафным формированиям, содержатся различные данные об организационно-штатной структуре этих частей. Например, И.В. Кузьмичев пишет, что штатная структура отдельного штрафного батальона включала: командира; управление (заместитель командира, заместитель командира по политической части, интендант, писарь); штаб (начальник штаба, заместитель начальника штаба, помощник начальника штаба, начальник медицинской части, начальник связи, 2 писаря); три роты, в каждой по три взвода. Штрафная рота состояла из командира, управления (заместитель командира, заместитель командира по политической части, писарь, санинструктор, старшина), трех взводов.

По воспоминаниям участников войны, воевавших в составе штрафных формирований, их структура отличалась от той, которая была утверждена приказами наркомата обороны. Так, А.В. Пыльцын в своей книге приводит следующий состав 8-го отдельного штрафного батальона: командир батальона, два общих заместителя командира батальона, начальник штаба и заместитель командира по политической части, помощник командира по снабжению, четыре помощника начальника штаба; три роты было по 200 и более бойцов. Генерал-майор Ф.А. Киселев, бывший начальник штаба 8-го отдельного штрафного батальона, писал, что в его состав входили: командир, штаб, три стрелковые роты, рота автоматчиков, пулеметная и минометная рота, рота противотанковых ружей, комендантский, хозяйственный, медико-санитарный взводы, взвод связи, начальники артиллерийского, вещевого, продовольственного снабжения, финансового довольствия.

По данным А. Мороза, в августе 1942 г. на Сталинградском (с 28 сентября 1942 г. – Донском) фронте началось формирование 1-го и 2-го штрафных батальонов. Однако из-за того, что не удалось укомплектовать 2-й штрафной батальон постоянным составом, он приказом № 09/0125 командующего войсками Донского фронта генерал-лейтенанта К.К. Рокоссовского от 30 сентября был расформирован, а его командный и политический состав (33 человека) направлен на формирование 1-го штрафного батальона. Распоряжением № орг/2/78950 Главного организационно-штатного управления Главного упраформа Красной Армии от 25 ноября 1942 г. была установлена единая нумерация штрафных батальонов. 1-й отдельный штрафной батальон Донского фронта получил номер 8. Постоянный состав батальона включал командира, военного комиссара, начальника штаба, заместителя командира (по строевой части), командиров штаба и политработников, командиров и политруков трех стрелковых рот и роты противотанковых ружей, командиров взводов, несколько интендантов, военврача и военфельдшера, 6 сержантов и красноармейцев (писарь-каптенармус, санинструктор, 4 санитара-носильщика), взвод снабжения и комендантский взвод. На 15 августа в 1-м отдельном штрафном батальоне числилось 95 человек постоянного состава, из них 29 сверх штата до особого распоряжения.

8 августа 1942 г. в 57-й армии начали формировать 1-ю отдельную штрафную роту. Штатом роты предусматривалось кроме командира и его заместителя иметь должности трех командиров взводов, трех их заместителей по строевой части, заведующего делопроизводством – казначея и фельдшера, военного комиссара, агитатора роты и трех взводных политруков. Кроме того, к роте был прикомандирован уполномоченный Особого отдела НКВД, а с апреля 1943 г. – оперуполномоченный отдела контрразведки СМЕРШ. В ходе войны постоянный офицерский состав роты (15 человек) был сокращен до 8 человек. Постоянный состав младших командиров и рядовых включал старшину роты, писаря-каптенармуса, санитарного инструктора, трех взводных санитаров, водителя, двух конюхов (ездовых) и двух поваров.

Но имеются и другие данные. Например, С. Глезеров отмечал: «Штрафные части, в силу специфики своего вооружения и опыта, не были приспособлены для выполнения особо важных задач. В составе штрафных частей не было ни бронебойщиков, ни пулеметного взвода, ни минометного…».

Штрафные батальоны и роты согласно приказу № 227 задумывались как стрелковые подразделения. Но жизнь потребовала внесения изменений и в это правило. Много перьев в свое время было сломано по поводу того, создавались или нет штрафные формирования в других родах войск и видах Вооруженных сил. Сейчас можно уверенно сказать, что они создавались. Например, в 8-й воздушной армии 9 сентября 1942 г. началось создание штрафных авиационных эскадрилий: истребительной – при 268-й истребительной авиадивизии (командир полковник Б.А. Сиднев); штурмовой – при 206-й штурмовой авиадивизии (командир полковник В.А. Срывкин); легкобомбардировочной – при 272-й ночной бомбардировочной дивизии (командир полковник П.О. Кузнецов). В свою очередь, в дивизиях штрафные эскадрильи, оставаясь в непосредственном подчинении комдива, прикреплялись к одному из полков. Так, в 206-й штурмовой авиадивизии штрафная эскадрилья была в подчинении командира 811-го штурмового полка. Командиром штрафников был назначен один из лучших летчиков капитан П. Ф. Забавских, до этого возглавлявший обычную эскадрилью. Штрафные авиаэскадрильи, по утверждению В. Л. Телицына, были созданы на каждом фронте по 3 эскадрильи для летчиков, которые проявили саботаж, трусость и шкурничество. Просуществовали с лета до конца 1942 года. Однако если судить по документам 8-й воздушной армии, то штрафные эскадрильи существовали и после декабря 1942 г.

В бронетанковых и механизированных войсках создавались штрафные танковые роты. Они, в частности, имелись в 3, 4, 5-й танковых армиях. Поэтому вывод М. Кустова о том, что «воздушные и танковые армии своих штрафных подразделений не имели», не совсем верен. Свои штрафные роты и взводы имели Балтийский и Черноморский флоты, Волжская и Днепровская военные флотилии.