Волею судеб свершилось так, что с высоты своей блестящей карьеры Шафиров был низвергнут в бездну мздоимства. В 1722 году он был обвинен в казнокрадстве, мздоимство было свойственно почти всем без исключения «птенцам гнезда Петрова». Шафиров был особо жестоко наказан из-за того, что из-за своего вздорного характера при разборе своего дела учинил в Сенате безобразный скандал, чем грубо нарушил регламент. Петр Великий повелел, чтобы Шафиров был «казнен смертью без пощады и чтоб никто не надеялся ни на какие свои заслуги, ежели в сию вину впадет».
